В отношении Елены Кудряшовой возбуждено уголовное дело о злоупотреблении полномочиями. Ректор Северного (Арктического) федерального университета подозревается в нанесении ущерба учебному заведению на сумму свыше семи миллионов рублей при строительстве Интеллектуального центра — Научной библиотеки. Следственными органами на основании материалов регионального управления ФСБ России по Архангельской области возбужденно уголовное дело в отношении ректора САФУ Елены Кудряшовой, в действиях которой усматриваются признаки злоупотребления должностными полномочиями. Как предполагает следствие, в 2011 году ректор из личной заинтересованности заключила договоры с некомпетентной строительной фирмой из Москвы на строительство здания Интеллектуального Центра — Научной библиотеки САФУ. Данные действия причинили материальный ущерб вузу на сумму более семи миллионов рублей. В настоящее время проводятся следственные мероприятия, направленные на установление всех обстоятельств совершенного преступления.  За «Злоупотребление должностными полномочиями» предусматривается  наказание в виде штрафа в размере до 80 тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо принудительными работами на срок до четырех лет, либо арестом на срок от четырех до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до четырех лет.